Το Πανεπιστήμιο Philips ακολουθεί διεθνείς πρακτικές σε σχέση με την οργάνωση και διοίκηση του. Το Συμβούλιο του Πανεπιστημίου είναι το ανώτατο διοικητικό όργανο του Πανεπιστημίου. Είναι υπεύθυνο για τη διαχείριση όλων των θεμάτων που αφορούν το Πανεπιστήμιο, συμπεριλαμβανομένων των οικονομικών θεμάτων, των υποδομών, της εποπτείας και του ελέγχου του διοικητικού και λοιπού προσωπικού, του αριθμού των φοιτητών για εισδοχή και των φοιτητικών υποθέσεων σε ατομική βάση. Το Συμβούλιο του Πανεπιστημίου εγκρίνει την πρόσληψη ακαδημαϊκού προσωπικού που πραγματοποιείται από τη Σύγκλητο.
Το ανώτατο ακαδημαϊκό σώμα του Πανεπιστημίου είναι η Σύγκλητος. Η Σύγκλητος αποτελεί το ανώτατο ακαδημαϊκό όργανο του Πανεπιστημίου και είναι υπεύθυνη για την ακαδημαϊκή εποπτεία της λειτουργίας του Πανεπιστημίου, την τήρηση της νομοθεσίας και των εσωτερικών κανονισμών. Η Σύγκλητος είναι υπεύθυνη για όλες τις ακαδημαϊκές εργασίες του Πανεπιστημίου, όπως η επιστημονική έρευνα, η διδασκαλία και όλες οι άλλες ακαδημαϊκές δραστηριότητες.
Το Πανεπιστήμιο είναι ακαδημαϊκά οργανωμένο σε τέσσερις Σχολές:
- Σχολή Οικονομικών Επιστημών & Διοίκησης
- Σχολή Επιστημών της Αγωγής & Άλλων Επιστημών
- Σχολή Νομικών Επιστημών
- Σχολή Επιστημών Υγείας
Οι Σχολές οργανώνονται σε Τμήματα και συνολικά στο Πανεπιστήμιο λειτουργούν 10+ Τμήματα. Τα Τμήματα είναι υπεύθυνα για την προσφορά των διαφόρων προγραμμάτων σπουδών του Πανεπιστημίου ενώ παράλληλα προσφέρονται δια-τμηματικά και δια-σχολικά προγράμματα.
Στα Τμήματα υπηρετούν τα μέλη του ακαδημαϊκού προσωπικού του Πανεπιστημίου. Το ακαδημαϊκό προσωπικό απαρτίζεται από επιστήμονες που διακρίθηκαν σε Πανεπιστήμια, της Ελλάδας, της Ευρώπης, των ΗΠΑ και άλλων χωρών με πολύχρονη διδακτική πείρα και πλούσιο ερευνητικό έργο.
